OK I kinda see wahts happening here, although the Z height thing is confusing.
It is missing all points on the periphery because they are inaccessible (must be something to do with probe off-set but????)
My 5x7 resulted in:
    (  5,235)                      (115,235)
        0       1       2       3       4      
 6 |   .       .       .       .       .    
   |
 5 |   .     -4.950  -4.980 [-4.965]   .    
   |
 4 |   .     -4.945  -4.995  -4.990    .    
   |
 3 |   .     -4.945  -4.915  -4.985    .    
   |
 2 |   .     -4.980  -4.955  -4.880    .    
   |
 1 |   .     -4.995  -4.990  -4.980    .    
   |
 0 |   .       .       .       .       .    
        0       1       2       3       4      
    (  5,  5)                      (115,  5)
which looks consistent, but I don't think it actually touched down on any of those points . Aha It drops close to bed with probe retracted and them extends probe to test , then does a proper touch later. 
I do not understand why the reference is about -5,although I believe I set the min_Z to -5.0. 
The Z homes to +5.4 and BED top is actually Z=0.00